生物安全柜內所有物品不能擋住進氣格柵，放入生物安全柜內的所有的物品應用體積濃度為 70% 的乙醇來消毒。所有的物品應與安全柜前面的格柵和后面工作臺面風口位置保持一定的距離，保證安全柜內氣流通暢，同時安全柜內避免放置和使用能產生震動的儀器，以避免影響氣流的穩定性。安全柜內不要放置能產生氣溶膠的設備，實驗必備品應靠近安全柜的后部放置。有生物危害性的廢棄體積較大的物品，應該固定放在安全柜內的某一側，避免氣體流動把危害物帶入試驗樣品。

耐高壓滅菌的生物危害性廢棄物和相關的吸管盛放盤類物品不應放在安全柜的外面，避免使用時手臂頻繁進出安全柜，干擾安全柜氣流穩定性，影響安全柜的使用效果。柜內兩種及以上物品需移動時，要遵循低污染性物品向高污染性物品移動原則，以免造成大面積污染。